Die Beziehungen zu den schwarzafrikanischen Staaten begannen Mitte der 50er Jahre, noch vor deren Unabhängigkeit. Als erster Staat nahm Ghana 1956 Kontakte zu Israel auf. In der Folgezeit konnte Israel diplomatische, kulturelle, Handels- und Entwicklungshilfebeziehungen zu den meisten Ländern südlich der Sahara aufnehmen. Diese Beziehungen waren Ausdruck einer natürlichen Partnerschaft. Israel war selbst noch ein junger Staat, der vor weniger als einem Jahrzehnt (1948) unabhängig geworden und bereit war, seine Erfahrungen mit den jungen afrikanischen Staaten zu teilen. Ende der 60er und Anfang der 70er Jahre unterhielt Israel volle diplomatische Beziehungen mit 33 schwarzafrikanischen Ländern.
Nach der Ölkrise 1973 brachen auf massiven arabischen Druck und Versprechen billiger Öllieferungen und finanzieller Hilfen gemäß der von Ägypten unterstützten Resolution der OAU (Organisation für die Einheit Afrikas) die meisten schwarzafrikanischen Staaten ihre diplomatischen Beziehungen zu Israel ab. Nur Malawi, Lesotho und Swaziland unterhielten weiterhin volle diplomatische Beziehungen zu Israel. Einige andere Staaten hielten die Verbindungen über israelische Interessenvertretungen an Botschaften dritter Staaten aufrecht. Auch die Wirtschaftsbeziehungen hörten nicht ganz auf. Nach wie vor wurden Afrikaner in Israel ausgebildet, während israelische Experten in Schwarzafrika arbeiteten.
Seit den 80er Jahren wurden die diplomatischen Beziehungen zu den schwarzafrikanischen Staaten allmählich wieder erneuert. Diese Entwicklung intensivierte sich mit Beginn der Friedensverhandlungen zwischen Israel und seinen arabischen Nachbarn. Heute unterhalten 40 afrikanische Länder diplomatische Beziehungen mit Israel, gegenseitige Besuche von Staatsoberhäuptern und Ministern sind häufig. Im Mai 1994 nahm der israelische Staatspräsident Ezer Weizman an der historischen Amtseinführung Nelson Mandelas, dem ersten schwarzafrikanischen Präsidenten Südafrikas, teil.