El establecimiento de relaciones diplomáticas plenas entre Israel y la Santa Sede (bajo los términos de un Acuerdo Fundamental firmado en Jerusalem en diciembre de 1993) seguramente será visto como un paso de gran significado en un proceso histórico de cambio en la actitud de la Iglesia hacia el judaísmo y el pueblo judío, públicamente iniciado por la declaración conocida como Nostra Aetate, emitida por el Concilio Vaticano Segundo en 1965.
En su Acuerdo Fundamental, Israel y la Santa Sede subrayaban la “singular naturaleza de la relación entre la Iglesia Católica y el pueblo judío...” y se comprometían a “una cooperación apropiada para combatir todas las formas de antisemitismo y todos los tipos de racismo e intolerancia religiosa, y a promover un entendimiento mutuo entre las naciones, tolerancia entre las comunidades y respeto por la vida y dignidad humanas” y “la pacífica resolución de los conflictos entre estados y naciones, excluyendo la violencia y el terror de la vida internacional”. Otras obligaciones se refieren al régimen del statu quo que afecta a los Lugares Santos cristianos, asuntos relacionados a la libertad de culto, estudios religiosos, educación, la peregrinación a la Tierra Santa y otros temas.
En noviembre de 1997 se firmó en Jerusalem un acuerdo definiendo el status de la Iglesia Católica en Israel y su jerarquía bajo la ley israelí. Este constituye el primer reconocimiento de jure de la Iglesia Católica por algún gobierno en la Tierra Santa.
En marzo del 2000 el Papa Juan Pablo II vino a Israel en una peregrinación personal por los Lugares Santos. Como jefe de Estado se reunió con el presidente Weizmann y el primer ministro Barak. Otros eventos de la visita incluyeron reuniones con los Grandes Rabinos y una visita a Yad Vashem y al Muro Occidental. La visita subrayó el continuo proceso de entendimiento entre el judaísmo y la Iglesia Católica.
El Cardenal Walter Kasper, que fue nombrado Presidente del Consejo Pontifical para la Promoción de la Unidad Cristiana y de la Comisión de la Santa Sede para las Relaciones Religiosas con los Judíos, visitó Israel en noviembre del 2001 y se reunió con el Presidente Katsav y con los Grandes Rabinos. Durante su visita, Israel y la Iglesia Católica anunciaron el establecimiento de un Comité de Iniciativas compuesto por representantes del Gran Rabinato y de la Comisión de la Santa Sede para las Relaciones Religiosas con los Judíos.
El comité realizó su encuentro preparatorio en Jerusalem en junio del 2002 y desde entonces ha mantenido una serie de sesiones de trabajo (una en Roma y la otra en Jerusalem) en el marco de este nuevo canal de diálogo católico-judío.
Para conmemorar el 40º aniversario de la Declaración Nostra Aetate, el Papa Benedicto XVI se reunió con los Grandes Rabinos de Israel en el año 2005 y el Presidente Katsav realizó un evento festivo en la Residencia Presidencial (2 de noviembre, 2005) al que asistieron el Cardenal Kasper y otras figuras claves del diálogo interreligioso entre la Santa Sede e Israel. El 17 de noviembre del 2005 el Presidente Katsav visitó, por segunda vez la Ciudad del Vaticano y se encontró con el Papa y con el Secretario de Estado.