Les relations avec les pays d'Afrique sub-saharienne datent du milieu des années 1950 ; les premiers contacts furent établis avant même l'accession de certains d'entre eux à l'indépendance. En 1956, des relations diplomatiques furent instaurées avec le Ghana, puis avec la plupart des pays situés au sud du Sahara ; au début des années 1970, Israël entretenait des relations diplomatiques pleines et entières avec trente-trois Etats d'Afrique noire. Ces relations étaient l'expression d'une affinité avec l'Etat d'Israël, lui-même tout jeune, ayant conquis son indépendance en 1948 et impatient de partager son expérience et son savoir-faire avec les nouveaux Etats africains. Des relations économiques profitables aux deux parties ont également été établies, comprenant de nombreux projets communs.
Dans le sillage de la Guerre de Kippour en 1973 et de la crise pétrolière mondiale qui s'ensuivit, la plupart des pays sub-sahariens décidèrent de rompre leurs relations diplomatiques avec Israël, pour deux raisons principales : les promesses de pétrole à bon marché et d'aide financière, ainsi que l'alignement sur une résolution de l'OUA (Organisation de l'unité africaine) adoptée sous l'égide de l'Egypte et appelant à la rupture des relations avec Israël. Seuls le Malawi, le Lesotho et le Swaziland maintinrent des relations diplomatiques à part entière avec Israël, tandis que quelques autres pays gardaient des contacts dans le cadre de bureaux d'intérêts auprès d'ambassades étrangères. La coopération, cependant, se poursuivit dans une certaine mesure ; des étudiants africains participaient à des stages de formation en Israël ; et des experts israéliens étaient actifs dans l'ensemble du continent.
Depuis les années 1980, les relations diplomatiques ont progressivement été renouées avec les pays sub-sahariens, mouvement qui s'est accéléré avec les négociations de paix engagées entre Israël et ses voisins arabes. A la fin des années 1990, des relations officielles étaient rétablies avec 39 pays sub-sahariens.
Israël et les pays sub-sahariens sont actuellement engagés dans un dialogue politique se traduisant par des visites réciproques de chefs d'Etat et de ministres. Entres autres activités, citons les relations économiques et commerciales, les contacts culturels et universitaires, divers projets conjoints dans les domaines de l'agriculture et de l'assistance médicale, des programmes de formation professionnelle et, en cas de besoin, de l'aide humanitaire.
Israël suit avec intérêt le processus d'intégration économique et politique en Afrique, et la création de l'Union africaine. En témoignage d'amitié et de solidarité, Israël a renouvelé son engagement à œuvrer de concert avec les nouvelles institutions et organisations africaines, ajoutant un autre chapitre aux relations uniques en leur genre entretenues avec ce continent.