La Cité de David, qui fut la Jérusalem des temps anciens, était située sur une étroite crête, au sud de l'actuelle Vieille Ville. Elle était bordée à l'est par la vallée du Kidron où jaillissait la source de Gihon, qui fournissait la cité en eau.
L'exploration archéologique de la Cité de David, qui débuta au milieu du XIXe siècle, se poursuit encore aujourd'hui. Ces recherches ont enflammé l'imagination de nombreux érudits de diverses nations, venus faire des fouilles à Jérusalem. Les dernières campagnes ont été menées entre 1978 et 1985, dans un processus permanent de mise à jour et de révision des interprétations antérieures.
Premier peuplement
Le plus ancien peuplement permanent découvert à ce jour est constitué par plusieurs bâtiments rectangulaires dotés de banquettes le long de leurs murs intérieurs. Ces constructions, qui remontent au début de l'Age du bronze (troisième millénaire avant l'ère chrétienne) sont typiques des centres urbains cananéens de l'époque.
Au cours du milieu de l'Age du bronze, dès le XVIlle siècle avant l'ère chrétienne, une muraille massive fut élevée autour de la cité, dont une section d'une trentaine de mètres a été mise au jour au-dessus de la vallée du Kidron. Des constructions dégagées à l'intérieur de cette enceinte donnent une idée de la vie de la cité durant cette période.
Les découvertes datant de la fin de l'Age du bronze (1600 - 1200 avant l'ère chrétienne) se révèlent rares et décevantes, en contraste marqué avec l'idée communément admise selon laquelle Jérusalem aurait été un centre urbain cananéen important, et qui repose sur des archives du quatorzième siècle avant découvertes à Tel-el-Amarna en Egypte, et mentionnant le roi de la cité de Jérusalem. Le chapitre dix du livre de Josué décrit la défaite d'Adoni-Cédek, roi de Jérusalem, à la tête d'une coalition de cinq rois amoréens. Défaite mais non conquête de la ville, puisque Jérusalem est ultérieurement mentionnée dans Juges XIX, 10-12 comme une cité jébuséenne (Amoréens et Jébuséens faisant partie de la communaut des Cananéens).
Au cours des XIII et XIIe siècles avant, la topographie de la partie haute de la ville se transforma avec un entrecroisement de murs de pierre, générant des terrasses d'une étendue artificielle qui constituèrent sans doute le podium de la citadelle de la cité cananéenne-jébusite de Jérusalem.
Au cours des fouilles, on dégagea le plus ancien système hydrique de la Cité de David : le puits de Warren (du nom de Charles Warren, archéologue anglais qui entreprit de 1864 à 1867 la première campagne de fouilles systématiques à Jérusalem). Ce système souterrain, construit à la fin du second millénaire avant l'ère chrétienne, permettait aux habitants de Jérusalem de recueillir l'eau de la source de Gihon sans quitter l'abri des murailles fortifiées de leur ville. Une récente étude géologique a révélé que le puits de Warren inclut un certain nombre de caractéristiques géologiques confortant l'hypothèse qu'il fonctionnait déjà avant la conquête de Jérusalem par David et qu'il pourrait par conséquent s'agir du tsinor (mot hébraïque pour tuyau ou conduit) mentionné dans II Samuel V, 8.
La période de la monarchie
On estime qu'un ouvrage massif de soutènement, datant du Xe siècle avant l'ère chrétienne et destiné à une construction monumentale (recouvrant les terrasses jébuséennes antérieures), constituait une partie de la forteresse de Sion, résidence du roi David. (II Samuel V, 7-9)
Au cours du VIIIe siècle avant l'ère chrétienne, Jérusalem s'agrandit. Durant le règne du roi Ezéchias, la colline située à l'ouest de la Cité de David fut incluse dans l'enceinte de la ville. L'assise de la muraille orientale, renforcée, de la ville, fut tracée sur quelque 120 mètres, pratiquement le long de l'assise du mur de l'Age du bronze, incorporant par endroits des vestiges de ce dernier. A l'intérieur des murailles, les bâtiments étaient séparés par des ruelles et des canaux d'égout se vidant dans la vallée du Kidron par un petit orifice pratiqué dans la muraille. Les vestiges de plusieurs structures de cette époque ont été découverts hors les murs, apportant la preuve que la cité était très peuplée. Il semblerait que ces quartiers aient été abandonnés durant le siège assyrien de 701 avant, rapporté dans le récit biblique. (II Rois XVIII,19)
Au cours des VIIIe et VIIe siècles avant l'ère chrétienne, Jérusalem connut une période de prospérité. Des segments de structures importantes ont été mis au jour, attestant tant de cette prospérité que des ravages de la destruction babylonienne en 587-6 avant.
La Maison d'Ashlar, un vaste bâtiment sur le versant sud-est de la Cité, construite en énormes pierres taillées, semble avoir été un édifice public. Une autre construction de cette période contient une "salle ravagée par le feu", ainsi nommée en raison de l'épaisse couche de débris carbonisés qui en recouvre le sol.
La Maison d'Ahiel, sur le versant nord-est, est une habitation israélite typique de l'époque. Son nom vient de l'inscription hébraïque figurant sur un tesson de poterie découvert-dans le bâtiment. Cette maison de quatre pièces avait un escalier extérieur en pierre menant au second étage. Dans une petite resserre, plus de cinquante jarres pouvant être restaurées furent découvertes, et dans une autre petite pièce, un siège de toilettes en calcaire était encastré dans le sol de plâtre, surmontant une fosse d'aisance en dessous.
La Maison aux bullae, à l'est de la Maison d'Ahiel, est ainsi nommée en raison d'une collection de près de cinquante sceaux (bullae) portant des inscriptions hébraïques que l'on y a découverts. Le sol de ce bâtiment, qui n'a été dégagé qu'en partie, était couvert d'une épaisse couche de débris calcinés contenant les bullae ainsi que des récipients en poterie, des têtes de flèche et des socles cultuels de calcaire, prouvant que ce bâtiment était un édifice public. Ces éléments sont typiques de la fin de l'Age du fer ; les bullae de ce site datent sans aucun doute de la destruction de Jérusalem par les Babyloniens en 587-6 avant. Ces bullae en argile, de la taille d'un ongle et en forme de disques plats, étaient apposées à un cordon attachant un document en papyrus, puis estampillés d'un cachet. Pour ouvrir le document et le lire, il fallait briser le cachet afin de le séparer du cordon. La conflagration qui détruisit la maison et calcina les documents qui y étaient conservés passa par le feu l'argile des bullae, les gardant ainsi dans un parfait état de conservation et tout à fait lisibles. On y trouve des dizaines de noms hébraïques deux d'entre eux appartenant à des personnages cités dans la Bible. L'un est Ghemaria fils de Chafan, un haut dignitaire de la cour du roi Joïachim de Juda, qui régnait à la veille de la destruction de Jérusalem par les Babyloniens:
"Baruch lut alors, d'après son rouleau, les paroles de Jérémie, au Temple de l'Eternel, dans la salle de Ghemaria, fils du secrétaire Chafan, située dans la cour supérieure, à l'entrée de la porte neuve du Temple. C'était en présence de tout le peuple." (Jérémie XXXVI, 10 ; voir également 11-12, 25)
Le second personnage biblique est Azaria, fils de Hilkia, membre de la famille des grands prêtres officiant à la fin de la période du Second Temple. (I Chroniques IX, 10)
Les bullae de la Cité de David, découverts dans un contexte stratigraphique évident et confortés par des preuves historiques, constituent l'une des découvertes les plus importantes jamais effectuées à Jérusalem.
La destruction massive de Jérusalem par les Babyloniens transparaît tant dans les couches de vestiges calcinés que dans l'épaisse strate de moellons provenant des bâtiments détruits découverts sur le versant est de la Cité de David. Ces preuves archéologiques éclatantes jettent une lumière nouvelle sur la description biblique de la destruction de Jérusalem en 587-6 avant. (II Rois XXV, 8-10 ; Jérémie XXXIX, 8 ; II Chroniques XXXVI, 18-19)
Les Juifs exilés à Babylone et revenus au cours de la période perse (VIe siècle avant) repeuplèrent la Cité de David. La nouvelle muraille bâtie par Néhémie ne suivait pas le tracé de l'ancienne, mais, pour la première fois, se dressait au sommet du flanc nord-est de la Cité de David.
Au cours des périodes hellénistiques et romaines, le centre de la cité se déplaça vers la colline occidentale. Au Moyen-Age, la muraille sud de Jérusalem fut construite le long du tracé de l'actuel mur de la Vieille Ville. La Cité de David, site de la Jérusalem biblique, resta par conséquent inhabitée à l'extérieur des murs de l'actuelle Vieille Ville.
Les fouilles de la Cité de David ont été effectuées sous la direction de Y. Shiloh pour le compte de l'Université hébraïque de Jérusalem.