Situé à l'orée d'une zone désertique, le pays a toujours pâti du manque d'eau. Les découvertes archéologiques dans le Neguev et dans d'autres régions confirment que les habitants du pays se préoccupaient il y a des milliers d'années déjà, de méthodes de conservation des eaux, comme en témoignent les nombreux systèmes de collecte, de stockage et de transfert des eaux de pluie mis à jour dans le Neguev et ailleurs.
Le volume total des ressources en eau disponibles annuellement est d'environ 1,7 milliard de mètres cubes dont 75 % sont utilisés pour l'irrigation et le reste par le secteur industriel et la consommation domestique. Les sources principales sont constituées par le Jourdain, le lac de Tibériade et quelques petits cours d'eau.
Les sources naturelles et les nappes souterraines d'eau douce sont puisées en quantités contrôlées, pour éviter leur épuisement et la hausse de leur taux de salinité. Les ressources naturelles étant exploitées au maximum, des méthodes sont mises au point pour utiliser les ressources marginales : recyclage des eaux usées, ensemencement de nuages et dessalement de l'eau de mer.
Pour surmonter le déséquilibre régional en sources d'eau, la majeure partie des ressources du pays sont groupées en un réseau national. Son artère centrale, la Conduite nationale d'eau achevée en 1964, transporte par un ensemble de canalisations géantes, aqueducs, canaux à ciel ouvert, réservoirs, tunnels, barrages et stations de pompage, les eaux du nord et du centre du pays vers le sud semi-aride.