La R&D est principalement menée dans les sept universités, les dizaines d'institutions gouvernementales et publiques et les centaines d'entreprises civiles et militaires d'Israël. D'importants travaux sont également réalisés dans des centres médicaux et un certain nombre de sociétés publiques dans les domaines des télécommunications, de production d'énergie et de gestion des ressources en eau.
La R&D est pour plus de la moitié financée par l'Etat et des organismes publics. Les fonds publics destinés à la recherche et au développement civils sont essentiellement consacrés au développement des secteurs industriel et agricole du pays ; plus de 40 % sont exploités pour promouvoir des travaux de recherche nationale et binationale. Ces fonds sont étayés par des allocations de recherche en provenance de fondations universitaires gérées par le Conseil de l'enseignement supérieur. Une partie des fonds est consacrée aux secteurs de la santé et des affaires sociales.
Plus de 80 % des travaux publiés par des chercheurs israéliens, et quasiment toutes les activités de recherche fondamentale sont menés dans les universités du pays. La Fondation d'Israël pour la Science, un organisme indépendant, constitue la source principale du financement de la recherche fondamentale. Un millier de chercheurs environ reçoivent des subventions de cet organisme. Cette fondation finance également des projets spéciaux comme la participation d'Israël au grand détecteur ATLAS, le “Large Hadron Collider” (grand collisionneur de hadrons) du CERN, ainsi qu'à l'amélioration de la qualité de la recherche clinique par toute une gamme de subventions accordées à des chercheurs en médecine.
TELEM, forum de bénévoles composé des directeurs scientifiques des ministères de l'Industrie et du Commerce, de la Science, du président de l'Académie israélienne des Sciences, et de représentants du Conseil de l'enseignement supérieur, du ministère des Finances et d'autres, est chargé de financer et coordonner des initiatives de recherches trop importantes pour être assumées par une seule institution. Ainsi, TELEM a conçu et partiellement financé l'entrée d'Israël au Programme-cadre de l'Union européenne pour la recherche et de développement, la participation d'Israël à l'European Synchroton Radiation Facility (ESRF-Installation européenne de rayonnement Synchroton) et l'initiative israélienne Internet II.
Le grand nombre de brevets déposés par les universités israéliennes est l'un des indices de l'efficacité des relations entre les établissements d'enseignement supérieur et le secteur industriel.