האגף לעניינים אסטרטגיים כולל שלוש מחלקות:
א. בקרת נשק;
ב. מניעת טרור ונשק בלתי קונבנציונאלי;
ג. ביטחון איזורי.
המחלקה לבקרת נשק אחראית לטיפול בכל העניינים הנוגעים לאמנות בינלאומיות ולמסגרות מולטילטרליות בתחום הנשק הקונבנציונאלי והבלתי קונבנציונאלי (גרעיני, כימי ביולוגי וטילי קרקע קרקע). כמו כן היא מטפלת במנגנונים לשיתוף פעולה בין המדינות המפותחות, מנגנונים המיועדים להסדיר ולהגביל נגישות של מדינות בעייתיות לציוד ידע וטכנולוגיות בתחומים צבאיים ודו-שימושיים. המחלקה עוסקת בנורמות חדשות בפורומים בינלאומיים בנושאי נשק קל ומוקשים. המחלקה מרכזת את הטיפול הבינמשרדי בהקשר ליוזמות בתחום הטילי, כגון: קוד ההתנהגות בתחום טילי קרקע קרקע. המחלקה אחראית לייצוג ישראל בפורומים או"מיים, כגון הוועדה הראשונה, ועדת פירוק הנשק בג'נבה, כמו כן היא שותפה מטעם משרד החוץ לפעילות מול הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית בוינה.
המחלקה למניעת טרור ונשק בלתי קונבנציונאלי אחראית לכל הטיפול במניעת פרולפרציה למדינות יעד במזרח התיכון, כגון: איראן, עיראק, לוב, סוריה וכו', וכן לטיפול באותן מדינות המסייעות לתכניות נשק בלתי קונבנציונאלי באיזור. בנוסף, המחלקה אחראית לטיפול במכלול הסוגיות הקשורות בטרור.
כן מטפלת המחלקה, תוך שימוש בכלים דיפלומטיים, בכל האיומים האסטרטגיים האיזוריים הבלתי-קונבנציונאליים הקיימים מצידן של אותן מדינות מחוץ לאיזור המייצאות למדינות במזרח התיכון נשק להשמדה המונית ואמצעי שיגורו.
המחלקה לביטחון איזורי עוסקת ב-3 מכלולים עיקריים כלהלן:
1. ארגונים אזוריים-היבטים בטחוניים (בתאום עם אגף אירופה).
- נאט"ו-דיאלוג ימ"ת
- איחוד אירופי - דיאלוג יורומד ו"סל" ראשון (מדיני-בטחוני) בתהליך ברצלונה
- אבש"א-עי"ת (עמיתים ים-תיכוניים)
- CICA - פורום לקידום CBMs באסיה (בתאום עם אגף אירו-אסיה, משפט וכספים).
2. ריכוז הפעילות במשה"ח הנוגעת לשמירה על היתרון הצבאי והאיכותי של ישראל. הטיפול בנושא נעשה בתאום עם אג"ת ומשהב"ט.
3. סוגיות אסטרטגיות נבחרות עם השלכות אזוריות (כתיבת סקירות וניירות הערכה)