אגף אמריקה הלטינית והקריביים – כולל שתי מחלקות:
א. מחלקת אמרכ"ז – אמריקה המרכזית, מכסיקו והקריבים – מופקדת על מכסיקו ושאר המדינות הנמצאות במרכז היבשת. ישראל מיוצגת על ידי שגרירים תושבים במקסיקו, אל-סלבדור, גואטמלה, פנמה וקוסטה-ריקה. השגרירות בגואטמלה מואמנת גם להונדוראס, זו באל סלבדור אחראית על בליז ואילו השגרירות בקוסטה ריקה מואמנת גם לניקרגואה. כמו כן מופקדת המחלקה על מדינות הקריביים: הרפובליקה הדומיניקנית, שבה מיוצגת ישראל בידי שגריר בנציגות תושבת, ועשר מדינות בהן מיוצגת ישראל על ידי שגרירויות לא תושבות: אנטיגואה – ברבודה, ג'מאיקה, האיטי, סנט-קיטס ונביס, גרנדה, דומיניקה, סנט-וינסנט וגרנדינס וסנט לוצי'ה. כמו כן מופקדת המחלקה על גויאנה וסורינאם בצפון אמריקה הדרומית וטרינידאד-טובאגו. השגרירות בקראקס מואמנת למדינות אלה כמו גם לברבדוס. השגריר במכסיקו מואמן גם לאיי באהמס.
ב. מחלקת אמד"ר – מדינות אמריקה הדרומית – מופקדת על שמונה מדינות, שבהן מיוצגת ישראל על ידי שגרירים בנציגויות תושבות: אורוגוואי, אקוואדור, ארגנטינה, ברזיל, ונצואלה, פרו, צ'ילה וקולומביה. כמו כן מופקדת המחלקה על שתי מדינות שבהן מיוצגת ישראל על ידי שגריר לא תושב: בוליביה, על ידי שגרירותנו בפרו, ופרגוואי על ידי שגרירותנו בארגנטינה.