קשרי ישראל עם ארצות אפריקה דרומית לסהרה החלו באמצע שנות החמישים; הקשר הראשון עם כמה מהן החל עוד לפני שהן קיבלו עצמאות. ב-1956 נוצר קשר דיפלומטי עם גאנה ובהמשך עם מרבית מדינות דרום סהרה. בתחילת שנות השבעים היו לישראל קשרים דיפלומטיים מלאים עם 33 מדינות שם. קשרים אלה היו הביטוי לקירבה של אפריקה לישראל, שהיא כשלעצמה מדינה צעירה שקיבלה עצמאות ב-1948, רצתה מאוד לחלוק את הנסיון והמומחיות שלה במדינות האפריקאיות העצמאיות החדשות. קשרים כלכליים מועילים הדדית פותחו כולל מיזמים משותפים רבים.
כתוצאה ממלחמת יום כיפור ובהמשך משבר הנפט העולמי מרבית מדינות דרום סהרה ניתקו את יחסיהן הדיפלומטיים עם ישראל משתי סיבות עיקריות: הבטחות לנפט זול וסיוע כספי ממדינות ערב וציות להחלטות OAU (הארגון לאחדות אפריקה) שבחסות מצרים אשר קרא לניתוק היחסים עם ישראל. רק מלי, לסוטו, סוויזלנד נשארו ביחסים דיפלומטים מלאים עם ישראל בעוד שמעטות נשארו בקשר באמצעות לשכות בשגרירויות זרות.
שיתוף הפעולה, בכל אופן, המשיך במידה מסויימת, סטודנטים אפריקניים השתתפו בקורסי הכשרה בישראל ומומחים ישראלים היו פעילים בכל היבשת.
מאז שנות השמונים היחסים הדיפלומטיים עם מדינות דרום סהרה חודשו בהדרגתיות וקיבלו תנופה ככל שהמשא ומתן לשלום בין ישראל ושכנותיה הערביות התקדם. בסוף שנות התשעים חודשו יחסים רשמיים עם 39 מדינות מדרום לסהרה.
כיום ישראל והמדינות מדרום לסהרה עוסקות בדו שיח פוליטי מתמשך המתבטא בביקורים משותפים של ראשי מדינות ושרי ממשלה. נוסף על כך קיימת פעילות דינמית הכוללת קשרים כלכליים ומסחריים, תרבותיים ואקדמיים, פרוייקטים חקלאיים מגוונים משותפים, סיוע רפואי, תוכניות הכשרה מקצועיות וסיוע הומניטרי במקרי הצורך.
ישראל ממשיכה לעקוב בעניין אחר תהליך השילוב הפוליטי והכלכלי באפריקה ויצירת האיחוד האפריקאי. כביטוי לידידות וסולידריות ישראל חוזרת על התחייבותה לעבוד יחד עם הארגונים והמוסדות העולים באפריקה בהוסיפה פרק נוסף ליחסים הייחודים שלה עם יבשת זו.