כינון יחסים דיפלומטיים מלאים בין ישראל ובין הכס הקדוש (על-פי תנאי ההסכם העקרוני שנחתם בירושלים בדצמבר 1993) יכול להיחשב לצעד בעל חשיבות רבה בתהליך היסטורי של שינוי יחס הכנסייה ליהדות ולעם היהודי, שינוי שביטויו הפומבי הראשון היה בהצהרה הידועה בשם Nostra Aetate (ההצהרה על יחסי הכנסייה עם הדתות הלא-נוצריות), שפרסמה מועצת הוותיקן השנייה ב-1965.
ישראל והכס הקדוש ציינו, בהסכם העקרוני שנחתם ביניהם, את "האופי הייחודי של היחסים בין הכנסייה הקתולית והעם היהודי..." והתחייבו ל"שיתוף פעולה נאות במלחמה באנטישמיות על כל צורותיה ובגזענות וחוסר הסובלנות הדתית על כל סוגיהן, ובקידום הבנה הדדית בין אומות, סובלנות בקרב קהילות וכבוד לחיי אדם ולכבוד האדם", ול"פתרון סכסוכים בין מדינות ואומות בדרכי שלום, סילוק אלימות וטרור מהחיים הבינלאומיים". התחייבויות נוספות עוסקות בשימור המצב הקיים לגבי המקומות הקדושים לנצרות, שאלות הקשורות לחופש הדת, לעלייה לרגל לארץ הקודש ועניינים אחרים.
בנובמבר 1997 נחתם בירושלים הסכם המגדיר את מעמדה של הכנסייה הקתולית במדינת ישראל ואת ההיררכיה שלה על-פי החוק הישראלי. זו הפעם הראשונה שממשלה בארץ הקודש מכירה בכנסייה הקתולית הכרה דה-יורה.
במארס 2000, בא האפיפיור יוחנן פאולוס השני לביקור בישראל, ביקור שהוגדר כעלייה לרגל למקומות הקדושים. בביקורו זה נפגש עם הנשיא עזר וייצמן ועם ראש הממשלה אהוד ברק. כמו כן נפגש עם הרבנים הראשיים וביקר ביד ושם ובכותל המערבי. הביקור הדגיש את התהליך המתמשך של הבנה בין היהדות והכנסייה הקתולית.