Cerca de 120 museus em todo o país registram quase 10 milhões de visitas por ano. Grandes ou pequenos, nas cidades, povoados ou kibutzim, eles são os depositários de tesouros de arqueologia, etnografia e história local; de arte antiga e moderna; e de artesanato, desde o primitivo ao mais sofisticado.
Entre os museus criados nos últimos anos incluem-se as galerias e o jardim de esculturas ao ar livre no Parque Industrial de Tefen, na Galiléia Superior; o Museu de Arte Israelense de Ramat Gan; o Museu da Cultura Beduína nas proximidades de Beer Sheva; o Museu de História de Jerusalém na Torre de David e o Museu das Terras Bíblicas, ambos em Jerusalém; o Museu Hecht em Haifa; o Museu do Centro Alon no Kibutz Guinossar; e o Museu da Fotografia em Tel Hai.
O Museu de Arte de Tel Aviv, fundado em 1932, transferiu-se para suas atuais instalações em 1971. Consiste de quatro galerias centrais que abrigam uma ampla coleção de arte clássica e contemporânea, sobretudo israelense; uma ala juvenil; um auditório onde são apresentados regularmente recitais, concertos de câmara e cinema de arte; e vários salões onde são apresentadas exposições temporárias. O Pavilhão Helena Rubinstein de Arte Moderna também está sob sua administração.
O Museu Israel, em Jerusalém, fundado em 1965, é o museu nacional. Suas principais seções são: a coleção do Museu Bezalel de Belas Artes, a de Arte Judaica e Etnografia, que exibe objetos típicos de várias comunidades judaicas da Diáspora, galerias de arte, salas decoradas no estilo de diferentes períodos e uma ampla seleção de objetos de arte da África, Américas do Norte e do Sul, Oceania e Extremo Oriente; uma ala de arqueologia, com artefatos que datam desde a pré-história até o século XV E.C.; o jardim de esculturas, com mais de 60 obras; o Santuário do Livro, que abriga raros manuscritos, inclusive os célebres Pergaminhos do Mar Morto; a ala para a juventude, com galerias, salas de aulas teóricas e práticas e um amplo programa educacional; o Museu Rockefeller, na parte oriental de Jerusalém, com sua coleção de arqueologia regional; o Centro de Arte Paley, também na zona oriental de Jerusalém, com programas específicos para crianças árabes; e a Casa de Ticho, galeria de arte e cafeteria, situada numa mansão centenária no centro de Jerusalém. Variadas exposições temporárias são também apresentadas regularmente, assim como outras atividades, tais como palestras, aulas de arte, grupos experimentais, filmes e concertos de câmara.
Mishkan Laomanut (a "Morada da Arte"), fundado em 1934 no Kibutz Ein Harod, foi o primeiro museu rural do país e o primeiro museu de arte do movimento kibutziano. Nele se encontra uma extensa coleção de pintura, escultura e arte popular judaica de todo o mundo; o museu apresenta também exposições temporárias e realiza diversos projetos educacionais e de pesquisa artística.
O Museu de Haifa engloba três museus num único prédio: o Museu de Arte Antiga, fundado em 1949, especializado em achados arqueológicos encontrados em Israel e na bacia do Mediterrâneo; o Museu de Arte Moderna, fundado em 1951, com mostras de arte de todo o mundo (desde os meados do século XVIII até nossos dias); e o Museu de Música e Etnografia, com exposições de instrumentos musicais através dos séculos e de vestuário das várias comunidades judaicas da Diáspora, bem como das comunidades árabes e drusas situadas na região de Haifa. Ainda sob a égide do Museu se encontram o Museu de Pré-História, o Museu Nacional Marítimo e o Museu Tikotin de Arte Japonesa, recente renovado.
O Museu do Neguev, fundado em 1953 em Beer Sheva e alojado num conjunto de edifícios construído na época dos turcos, consiste de uma ala de arte moderna e de uma seção arqueológica, que apresenta peças representativas dos períodos de assentamento na região. Conta também com uma mostra de achados arqueológicos da cidade bíblica de Beer Sheva (c. 900 a.E.C.), expostos em Tel Sheva.
O Museu Eretz Israel em Ramat Aviv, fundado em 1953, é um vasto repositório de achados arqueológicos, antropológicos e históricos da região e compreende pavilhões de objetos de vidro, cerâmica, numismática, folclore e cobre, entre outros, assim como um planetário. A seção "O Homem e seu Trabalho" apresenta demonstrações ao vivo de antigos métodos de tecelagem, joalheria, olaria, moagem e feitura do pão. A escavação de Tel Quassile, na qual foram desvendadas doze distintas camadas de civilização, encontra-se também no local. Ainda sob sua administração encontram-se o Museu da História de Tel Aviv-Iafo e o Salão da Independência, onde foi proclamado o Estado de Israel em 1948, ambos situados no centro de Tel Aviv.
O Instituto L.A. Mayer da Arte Islâmica, fundado em 1947 em Jerusalém, abriga exposições permanentes de olaria, tecelagem, jóias, objetos cerimoniais e afins, cobrindo um milênio de arte islâmica, da Espanha até a Índia. Também apresenta exposições temporárias sobre temas especiais.
Beit Hatefutzot (o Museu da Diáspora), fundado em 1978 e localizado no campus da Universidade de Tel Aviv, usa técnicas modernas e dispositivos áudio-visuais para traçar a história das comunidades judaicas da Diáspora através dos séculos e em todo o mundo. As exposições são organizadas em torno de temas, e cada andar tem sua área de estudo. O museu oferece ainda exposições temporárias sobre assuntos judaicos, uma visão geral da história judaica em apresentação áudio-visual (cronosfera), uma ampla variedade de programas educacionais e culturais, além de exposições ambulantes.
O Museu da Torre de David da História de Jerusalém, fundado em 1988, localiza-se no complexo arquitetônico da Cidadela, importante sítio histórico e arqueológico, que contém achados do período do Primeiro Templo (960-586 a.E.C.), remanescentes de uma torre e da muralha da cidade do período dos Hasmoneus (século I a.E.C.) e as fundações de uma enorme torre construída pelo rei Herodes (37-4 a.E.C.). O museu cobre 4.000 anos de história de Jerusalém, desde seus primórdios como cidade canaanita até os tempos modernos. As exposições são divididas de acordo com os períodos, com uma "linha do tempo" em cada sala, onde estão assinalados os principais acontecimentos; há também mapas, videoteipes, hologramas, desenhos e maquetes. Periodicamente são apresentadas também exposições temporárias.
O Museu Iad Vashem, em Jerusalém, é dedicado à perpetuação da memória dos seis milhões de judeus chacinados no Holocausto. Nele se encontram uma galeria de arte, o Salão dos Nomes, a Avenida dos Gentios Justos, um arquivo, o salão central de recordação onde estão gravados no chão os nomes dos campos de extermínio, o Pavilhão em Memória às Crianças e o Vale das Comunidades Destruídas.