O estabelecimento de relações diplomáticas plenas entre Israel e a Santa Sé (sob os termos do Acordo Fundamental assinado em Jerusalém em dezembro de 1993) pode ser visto como uma etapa de maior significado em um processo histórico de mudanças na atitude da Igreja com relação ao judaísmo e ao povo judeu, publicamente iniciado pela declaração conhecida como Nostra Aetate, promulgada pelo Concílio Vaticano Segundo em 1965.
No Acordo Fundamental, Israel e a Santa Sé observaram a "natureza única da relação entre a Igreja Católica e o povo judeu…" e se comprometeram a "combater todas as formas de antissemitismo, racismo e intolerância religiosa e em promover o entendimento mútuo entre as nações, a tolerância entre as comunidades e o respeito e a dignidade pela vida humana", e a "promover a resolução pacífica dos conflitos entre estados e nações, eliminando a violência e o terror das relações internacionais". Obrigações adicionais se ocupam do regime de status quo que afeta os Lugares Sagrados do cristianismo, as questões referentes à liberdade religiosa, a peregrinação à Terra Santa e outros assuntos.
Em novembro de 1997, foi assinado um acordo em Jerusalém definindo o status da Igreja Católica em Israel e sua hierarquia sob as leis de Israel. Isso marca o primeiro reconhecimento formal da Igreja Católica por qualquer governo na Terra Santa.
Em março de 2000, o papa João Paulo II veio a Israel em uma peregrinação pessoal aos Lugares Sagrados, reunindo-se com o presidente Ezer Weizman e o primeiro-ministro Ehud Barak. Outros eventos incluíram reuniões com o rabinos-chefe e visitas à Yad Vashem e ao Muro das Lamentações. A visita enfatizou o processo contínuo de entendimento entre o judaísmo e a Igreja Católica.