ב-11 ביוני 2000 החליטו משרדי הממשלה והמנהלים הכלליים של משרדי המשפטים, החוץ וחברה ותפוצות (שלא קיים עתה) להיענות לבקשת הכנסת והקימו את הוועדה לבדיקת נושא גורל הנעלמים היהודים בארגנטינה. בכתב המינוי נאמר, כי ממשלת ישראל מייחסת חשיבות רבה לסיוע למשפחות הנעלמים היהודים בארגנטינה בזמן המשטר הצבאי, ככל שמדובר בבירור גורל יקיריהם, מציאת מקום קבורתם ובהבאתם לקבר ישראל. התפקיד אשר הוטל על הוועדה היה לבדוק ולהמליץ על דרכים לסיוע בנושאים אלה.
הוועדה החלה את עבודתה ביולי 2000. היא פנתה אל הציבור הרחב על מנת לאפשר לכל מי שמעוניין בכך, להביא את עניין קרובו בפני הוועדה. בעקבות ההזמנה נמסרו לוועדה עדויות רבות שהתקבלו בישיבות שנערכו בירושלים ובבואנוס איירס וכך דרך שיחות ועידה מבואנוס איירס לירושלים. עם קבלת המידע וריכוז העדויות, נאסף חומר נוסף מארכיון משרד החוץ. אף שטרם חלפה התקופה הקבועה בחוק, לפי בקשה מיוחדת, הועמד החומר המצוי בארכיון משרד החוץ לרשות הוועדה. גם הסוכנות היהודית אפשרה לחוקר הוועדה לבדוק את הארכיון ההיסטורי של מחלקת העלייה שלה.
הוועדה הגישה ביולי 2003 למנכ"לים של משרדי החוץ והמשפטים את הדו"ח על פעילותה, העדויות המלאות שהוגשו לה, ממצאיה והמלצותיה. הדו"ח נדון גם בוועדת העלייה, הקליטה והתפוצות של הכנסת ואף במליאה, וחברי הכנסת קיבלו פה אחד את המלצותיה.
קרובי המשפחה שבאו להעיד בפני הוועדה, גם אם ביקרו באופן קשה ונוקב את מנדט הוועדה וביקשו להביא את האחראים לדין בישראל, רובם ככולם הביעו תודה למדינת ישראל על הקשב, על הנסיון לסייע למצוא את שרידי יקיריהם ולהביאם לקבורה ולהביא מעט שלווה לנפשם.
מדינת ישראל מבקשת להצטרף לאותן מדינות הממשיכות להזכיר ולהתריע מפני נוהג שלטוני דורסני כלפי אזרחים, מתנגדי שלטון. הציפייה היא שעמים אחרים יעשו כן ולא ירפו.
באתר זה נמצא הדו"ח המלא, בעברית ובספרדית, כל העדויות המלאות בעברית וחלקן גם בספרדית, וחומר עזר נוסף בעברית, ספרדית ואנגלית להרחבת הרקע לנושא.