Die Aufnahme voller diplomatischer Beziehungen zwischen Israel und dem Heiligen Stuhl (unter den Bestimmungen eines im Dezember 1993 in Jerusalem unterzeichneten Grundlagenvertrags), können als bedeutender Schritt innerhalb eines historischen Prozesses der Veränderung angesehen werden, den die Kirche in ihrer Haltung gegenüber dem Judentum und dem jüdischen Volk in seiner als Nostra Aetate bekannten Erklärung des Zweiten Vatikanischen Konzils 1965 in Gang setzte. In ihrem Grundlagenvertrag würdigen Israel und der Heilige Stuhl " die einzigartige Natur der Beziehungen zwischen der katholischen Kirche und dem jüdischen Volk ... " und ...” verpflichten sich zu geeigneter Zusammenarbeit im Kampf gegen alle Formen des Antisemitismus und jede Art von Rassismus und religiöser Intoleranz und zur Förderung gegenseitigen Verständnisses unter den Nationen, Toleranz in den Gemeinwesen und Respekt vor Leben und Würde des Menschen" und "eine friedliche Lösung von Konflikten zwischen Staaten und Nationen einzusetzen und Gewalt und Terror aus dem internationalen Leben auszuschließen." Zusätzliche Auflagen betreffen den Status Quo der christlichen Heiligen Stätten, Fragen zur Religionsfreiheit, Pilgerfahrten ins Heilige Land und weitere Angelegenheiten.
Im November 1997 wurde in Jerusalem ein Abkommen unterzeichnet, das den Status der katholischen Kirche und seiner Würdenträger im israelischen Gesetz verankert. Dies bildet die erstmalige, de jure Anerkennung der katholischen Kirche im Heiligen Land von Seiten einer Regierung.
Im März 2000 begab sich Papst Johannes Paul II auf eine persönliche Pilgerreise an die Heiligen Stätten. Er traf Staatspräsident Ezer Weizman, Ministerpräsident Ehud Barak, sowie die Oberrabbiner und besuchte Yad Vashem und die Klagemauer. Der Besuch unterstrich den andauernden Prozess der Annäherung zwischen dem Judentum und der katholischen Kirche.